La DFS, junto con el Ejército, fue una de las entidades del Estado a las que se le acusó de reprimir movimientos opositores y estudiantiles durante guerra sucia.

En 1968, una manifestación estudiantil fue reprimida por las fuerzas del orden, hecho por el cual el expresidente Luis Echeverría Álvarez, que gobernó de 1970 a 1976, fue acusado de genocidio.

La Fiscalía Especial para Movimientos Sociales y Políticos del Pasado (Femospp) aseguró en mayo de 2005 que Echeverría sería consignado ante un juez penal federal y consideraba como sospechoso a Nazar Haro.

Sin embargo, en julio de 2006 un tribunal federal concedió un amparo contre el auto de formal prisión y exoneró a Echeverría al considerar que no existía ninguna prueba que lo inculpara como responsable de los hechos ocurridos cuando fue secretario de Gobernación.